Le siège de Troyes demeura vacant pendant environ 8 mois après la mort d’Odard Hennequin (1527-1544).
Enfin, le 13 juillet 1545, le roi François 1er y nomma Louis de Lorraine, quatrième fils de Claude de Lorraine et d’Antoinette de Bourbon-Vendôme.
Il n’avait encore que 18 ans quand il fut nommé administrateur du diocèse de Troyes, et cet âge, suivant le concordat, n’était pas suffisant pour occuper un évêché. Mais le pape Jules III lui accorda l’administration de celui de Troyes, jusqu’à ce qu’il eût atteint l’âge compétent pour exercer les fonctions épiscopales, soit 27 ans.
Dès que les bulles furent arrivées à Troyes, le chapitre de la cathédrale s’assembla par « ostiatim » (de porte en porte) et au son de la cloche pour en faire la lecture.
A cette assemblée se trouvèrent l’abbé de Clairvaux, les lieutenants civil et criminel, l’avocat du roi, le maire, les échevins les conseillers et autres notables bourgeois de la ville.
La lecture étant faite, tous ceux qui étaient présents, pleins de joie et de satisfaction, reçurent pour leur pasteur et évêque et pour administrateur de ce diocèse, tant au spirituel qu’au temporel, le seigneur Louis de Lorraine, issu d’une des plus illustres maisons du royaume.
Guillaume Juvenis, chanoine de l’église de Troyes, le représenta, et par une procuration en bonne forme, prêta le serment accoutumé.
Pendant cette période, il eut pour coadjuteur, chargé des fonctions pastorales, André Richer, moine de Vauluisant, archevêque de Chalcédoine, tandis que Guillaume Lejeune, vicaire général, administrait le diocèse et qu’un autre chanoine, Jean Petit, régissait le temporel.
Calvin répandait alors sa doctrine en France. Malgré la tenue du concile de trente, les sectateurs de cet hérésiarque ne laissaient pas de se multiplier. Un cordelier nommé Pierre Morel, docteur de Sorbonne et fils d’un bourrelier de Troyes, avait apostasié pour embrasser la nouvelle religion. L’amour de la liberté et l’espérance de quelques avantages temporels l’avaient déterminé à l’apostasie. Le supplice de Dubec ne l’avait point effrayé, il eut même l’audace de se faire ministre de l’église calviniste. Mais, enfin tourmenté par les remords et frustré de ses espérances, il rougit de son crime, et rentra dans son ordre dont, par la suite, il devint provincial.
Les remords n’agirent pas également sur un nommé Macey, marchand, natif de Troyes et luthérien. Tous les jours il se répandait en blasphèmes contre l’eucharistie. Il fut arrêté et condamné à être brulé vif.
L’imprimeur Moreau qui vendant un livre hérétique intitulé : « Le trafic et train de marchandises que les prêtres exercent en l’église », fut aussi arrêté et condamné au supplice du feu.
A cette époque, on représentait dans Troyes des comédies superstitieuses dans le goût de celles des mystères de la passion. On y jouait la « Vengeance de Notre Seigneur Jésus-Christ », appelée aussi le jeu ou la diablerie de la vengeance. Le 24 février 1539, on annonça au sermon et par les églises, qu’on allât chercher les rôles pour jouer cette pièce. Le 1er mai 1540, « on fit les montres de cette diablerie », le 9 on les répéta, mais en belle ordonnance, avec trompettes, tambours et autres instruments, enfin 8 jours après on commença ces « montres » (tenir un rôle) autour du jeu et en même temps de la représentation où il y avait beaucoup de monde, et où l’on paya un « douzain » (d’une valeur de 12 deniers) par personne. Il y avait aussi le jeu de saint Loup, pour lequel on chantait une messe devant le chef de ce saint, le jeu de la sainte hostie, celui de sainte Catherine et celui de sainte Jule.
Cependant, Louis de Lorraine qui n’avait presque pas résidé dans son diocèse, à l’exception de quelques séjours à Aix-en-Othe et à Saint-Lyé, permuta son évêché avec Antoine Caracciole, pour l’abbaye de Saint-Victor de Paris.
Il fut ensuite nommé évêque d’Albi, en 1550, où il succéda au cardinal Jean de Lorraine.
Trois ans après, le pape Jules III lui donna le chapeau de Cardinal, et depuis il ne fut plus connu que sous le nom de cardinal de Guise.
Il quitta encore l’évêché d’Albi pour passer à l’archevêché de Sens, où il ne demeura que 2 ans.
Enfin, il fut évêque de Metz et posséda les abbayes de Saint-Germain-d’Auxerre, de Bourgueuil, de Tournus et de Moissac.
Il décéda à Paris le 28 mars 1578, et fut inhumé dans le choeur de l’abbaye de Saint-Victor.
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