Le territoire de Saint-Léger-sous-Margerie, du canton de Chavanges, est baigné en son milieu par le Meldançon, affluent de l’Aube. Sur la rive droite, au nord de la localité, au lieudit « Le Chemin de Corbeil », on a trouvé vers 1825, un cercueil de pierre. En 1911, des fouilles faites à l’ouest dudit chemin ont révélé des sépultures avec quelques objets tels que poteries, armes, verreries, perles de verre, qui sont de l’époque mérovingienne. Ces découvertes et d’autres plus récentes, rappellent l’emplacement de la « Trochiniaca curtis », où l’abbaye de Montier-en-Der possédait une ferme avec une église au temps de Charles le Chauve. L’église actuelle en bois et torchis et l’agglomération sont construites sur la rive gauche du Meldançon. Le village a pris le nom du patron de la paroisse confiée au XI° siècle à l’abbaye de Montier-en-Der. On retrouve l’histoire seigneuriale de Saint-Léger-sous-Margerie au XII° siècle. En 1177, Thibaut de Pougy, chevalier, fils de Pierre, figure parmi les témoins d’une charte de Mathieu, évêque de Troyes au profit de l’abbaye de la Chapelle-aux-Planches, est dit « de Saint-Léger ». Après lui apparaît Gui de Pougy, témoin d’une charte de Simon de Beaufort donnant à l’abbaye de Boulancourt 20 sols à percevoir sur ses cens d’Outines (petit village proche du lac du Der, célèbre pour sa magnifique église à pans de bois), pour l’entretien d’une lampe. Il y est qualifié seigneur de Saint-Léger en 1201, et figure quelques années plus tard dans une liste des vassaux de la châtellenie de Rosnay. Un de ses fils, Renaud est dit de saint-Léger en 1218. Un autre Gui de Saint-Léger, chevalier, est témoin en 1314 d’une charte en faveur de l’abbaye de La Chapelle-aux-Plantes. En 1366, on voit Gobert, seigneur de Sainte Livière, époux d’Isabelle de Saint-Léger et Milet de Saint-Léger, écuyer, vassaux du comte de Vertus, de la châtellenie de Rosnay, qui lui a été attribuée par le roi Jean le Bon en 1361. On s’aperçoit que Saint-Léger relève à la fois de Rosnay et de Dampierre. Milet de Saint-Léger apparait comme vassal de Hue de Chatillon en 1376. En 1395, Marie, veuve de Milet de Saint-Léger est remariée avec Nicolas de Flancancourt. Saint-Léger-sous-Margerie appartient en 1494 à Jean de Mertrus époux de Jeanne de Champigny, dame de Saint Ouen. En 1509, Jean II déclare tenir du Seigneur de Dampierre la moitié et la basse-cour de Saint-Léger : 20 maisons, granges, étables, le tout fermé de fossés, 360 journaux de terre… Jean III écuyer, fils du précédent, en 1533, tient du Comte de Vertus un quartier du finage de Saint-Léger, dont 14 maisons. En 1572, le sieur de Renty « avait dressé une église réformée au lieu de Saint-Léger-sous-Margerie, village appartenant à ses enfants à cause de leur mère décédée ». En 1590, le château de son fils Jacques de Renty est pourvu d’une garnison. En 1593, il fait abattre les guérites de sa maison de Saint-Léger. La garnison promet au roi et au duc de Nevers gouverneur de Champagne de garder la place contre les ligueurs et de démolir une partie des fortifications. En 1617, Jacques de Renty vend la seigneurie de Saint-Léger à Claude IV de Mertrus-Saint Ouen, époux de Anne de Linage, descendant de Claude 1er. En 1626, Antoine de Mertrus est seigneur de Saint-Léger. Le pays, en 1651-1652, subit à plusieurs reprises le passage des troupes et connait « les routes défoncées par les équipages d’artillerie, le pillage, l’incendie ». Informé de ces faits, Antoine de Mertrus intervient auprès du vicomte de Turenne, maréchal de France, qui lui délivre une lettre de sauvegarde en date du 18 novembre 1652 : « Nous prenons la protection et sauvegarde du roi le village de Saint Léger appartenant au Sieur de Saint Léger, les fermiers et habitants, leurs grains, meubles, bestiaux, fourrages et généralement, tout ce qui est à lui, défendant très expressément à tous ceux qui sont notre charge et commandement d’y loger, piller, fourrager, d’y prendre ni enlever aucune chose sous peine aux contrevenants d’être punis et châtiés exemplairement ». En 1674, la terre de Saint-Léger appartient à Claude VI de Mertrus Saint Ouen, qui sera inhumé dans la chapelle de son château de Saint Ouen en 1707. N’ayant pas eu d’enfant de son mariage avec Anne Elisabeth de Mertrus sa cousine, Claude donne Saint Léger en 1744 à sa sœur Louise Renée, épouse de Edme Marchand de Criston, capitaine et gruyer du duché de Piney, qui est dit seigneur d’Auzon, de Montaulin, Saint-Léger, Monbrost et autres lieux. En 1778, la seigneurie de Saint Léger est vendue à Jean-Baptiste Vauthier, conseiller du roi, maître particulier honoraire des Eaux et Forêts de Troyes. En 1789, le titulaire est Pierre Gilles Chanlaire, écuyer, avocat au parlement.
Telle se présente la seigneurie de Saint Léger sous Margerie avec sa maison forte construite à proximité d’un pont, son territoire réparti entre 2 seigneuries plus importantes et le menu fief qui en dépendait, en dehors du finage.
Jean-Baptiste Vauthier, son dernier possesseur deviendra administrateur du département de l’Aube en 1790. Son gendre Pierre-Louis Paillot dit Paillot de Saint Léger fera carrière à Troyes dans la magistrature.
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