Le Comte Henri le Libéral (sa dévotion à Saint-Nicolas est historique), comme la paroisse Saint-Jean est bien loin en ville, décide la création d’une chapelle de secours sur le rempart, contigüe au château fort élevé pour la défense de la ville (XII° siècle). Elle doit servir aussi bien aux gens du château (la vicomté), qu’aux manants hors les murs.
Le recteur de Saint-Nicolas se rend à Jérusalem, pour visiter les Lieux Saints. En Palestine, il vénère le tombeau du Sauveur, va à la montagne de Sion, à celle des Oliviers, Bethléem, le mont Thabor… et revient à Troyes, s’arrêtant à Rome, Saint-Jacques de Compostelle, Saint-Nicolas du Port… et en 1504, il fait édifier à ses frais, un calvaire et un sépulcre..
Mais, le terrible incendie de 1524, réduit Saint Nicolas à des pans de murs. Les marguilliers de la paroisse s’adressent au pape Clément VII, le suppliant d’ouvrir les trésors de l’Eglise. Les paroissiens multiplient les sacrifices d’argent nécessaires pour faire face aux dépenses. L’évêque Guillaume Petit obtient de l’autorité ecclésiastique la permission de quêter dans les églises de son diocèse. En 1525, le pape accorde une bulle d’indulgences en faveur de la réédification de l’église. Grâce à ces ressources, la première pierre est posée le 23 avril 1526.
L’étendue de la paroisse reste la même que par le passé. Elle a pour limites, au sud celle de Saint-André, à l’ouest Sainte-Savine et Saint-Martin, au nord Sainte-Madeleine et Saint-Jean, et à l’est, Saint-Pantaléon.
Sa reconstruction est terminée en 1530. En 1550, le portail méridional reçoit sa forme actuelle avec les statues de François Gentil.
En 1583, le pape Grégoire XIII accorde une indulgence plénière, renouvelée par Urbain VIII en 1635. et Grégoire XVI, en 1832.
La paroisse Saint-Nicolas souffre particulièrement de l’incendie qui, en 1686, anéantit plus de la moitié des maisons et endommage tellement l’église, qu’elle a besoin de beaucoup de réparations. Une fois de plus, cela est possible, grâce aux aumônes des fidèles et aux indulgences du pape Innocent XI. Les aumônes des paroissiens sont d’autant plus méritoires, que, privés de leurs logis et ayant perdu leur mobilier, ils ont eux-mêmes besoin de secours pour réparer tant de pertes.
Le XIX° siècle voit l’ouverture du portail occidental, après la destruction des remparts.
Au XX° siècle, l’église est classée comme monument historique, avec tous ses bas-reliefs, triptyques, vitraux et statues anciennes (40 !).
L’église est renommée pour son fameux calvaire où l’on voit un tombeau construit vers l’an 1530, sur le modèle du saint sépulcre de Jérusalem. Il est de forme carrée, au rez-de-chaussée, et adossé au mur septentrional. L’entrée est du côté du chœur. Au-dessus, on lit cette simple inscription : Forma Dominici Sepulcri. Le calvaire qui domine l’entrée de l’église, possède un christ à la colonne, d’une proportion colossale. Il y a dans l’intérieur du sépulcre, un Christ étendu, et au-dessus, un Christ ressuscité, de grandeur naturelle. Ces ouvrages sont attribués à François Gentil, de Troyes, qui travaillait conjointement avec un sculpteur italien, nommé Dominique Rinuccini, élève du Primatice.
Les niches du portail, les piliers de la nef et ceux du chœur, sont ornés de figures de plusieurs apôtres et autres saints personnages.
La chaire est la plus belle de Troyes, et compte parmi les plus précieux mobiliers de ce genre. L’histoire de saint Nicolas se trouve tout entière dans la Chaire (XVI° s.). Un tableau représente la maman de saint Nicolas dans son lit à baldaquin, pendant que les sages-femmes s’occupent du petit. Une autre sculpture montre les 3 filles dotées par le saint. L’une coupe une pièce, la deuxième file une quenouille et la troisième a replié son métier à tisser. Les autres panneaux représentent la donatrice assistant au miracle des enfants au saloir, le sauvetage, à la dernière minute de 3 soldats innocents, aux jours de Constantin. Sur la porte d’entrée, le port de Myre où Nicolas marchande 3 sacs de blé pour des indigents.
Le vaisseau de l’église, quoique simple, plait par sa majesté. La voûte a de la hardiesse, et l’on y voit plusieurs clefs pendantes.
Les vitraux de droite sont de jolies grisailles représentant l’histoire de saint Claude, en face les béatitudes.
Lorsque Girardon venait à Troyes, il se faisait placer dans un fauteuil vis-à-vis le portail, pour en admirer la beauté, sur laquelle il s’exprimait avec transport.
Desservi par le clergé constitutionnel de Saint-Pantaléon, Saint-Nicolas est fermée en 1792, comme les autres paroisses, sous prétexte que des ecclésiastiques insermentés y viennent dire leur messe. Les fonts baptismaux sont transportés à Saint-Pantaléon. Le reste du mobilier est mis en vente le 27 janvier1794. Une grande partie des objets de culte est rachetée par des paroissiens. On loge dans l’église, des prisonniers de guerre. Des 3 cloches, une seule est conservée. On place une des 2 autres sur la porte de Paris. Les spoliateurs enlèvent à la couverture et au clocher, 2 millions de plombs !
La Terreur passée, les paroissiens obtiennent à force de réclamations, la réouverture et la jouissance de leur église, en juin 1795. Ils réclament en même temps, les tableaux qui la décoraient et les objets les plus nécessaires au culte, surtout les ornements. Mais, bien entendu, les objets volés au nom de la loi, ne sont jamais retournés dans leur église.
Il y avait un usage très rare à l’époque : le diacre de la messe solennelle présentait à ceux qui venaient de communier, une coupe (pas le calice consacré) en argent, étain ou verre, avec du vin et de l’eau et une serviette pour s’essuyer la bouche. Cette ablution se faisait pour que l’hostie pût être avalée plus facilement et pour qu’il ne restât aucune particule du sacrement dans la bouche du communiant.
Autre coutume : le jour de la Pentecôte, les enfants de chœur montaient sous les voûtes de l’édifice, d’où ils faisaient descendre un pigeon blanc orné de fleurs. Celui qui recevait le pigeon, le portait dans le chœur.
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